Lors d'une périlleuse mission spatiale, Jean est frappée par une force qui la change en l'un des mutants les plus puissants qui soient. En lutte contre elle-même, Jean Grey déchaîne ses pouvoirs, incapable de les comprendre ou de les maîtriser. Devenue incontrôlable et dangereuse pour ses proches, elle défait peu à peu les liens qui unissent les X-Men. Voici le point d'orgue de vingt années d'histoire des X-Men, et l'ultime confrontation entre la famille de mutants que nous avons appris à aimer et son pire ennemi : l'une des leurs.

Depuis les origines de la civilisation, Apocalypse, le tout premier mutant, a absorbé de nombreux pouvoirs, devenant à la fois immortel et invincible, adoré comme un dieu. Se réveillant après un sommeil de plusieurs milliers d’années et désillusionné par le monde qu’il découvre, il réunit de puissants mutants dont Magneto pour nettoyer l’humanité et régner sur un nouvel ordre. Raven et Professeur X vont joindre leurs forces pour affronter leur plus dangereux ennemi et sauver l’humanité d’une destruction totale.

Dans un futur proche, les mutants et les humains ont été décimés par les Sentinelles, des robots biologiques capables de copier les pouvoirs des mutants. Seuls quelques mutants, dont Kitty Pride, Iceman, Storm et Bishop, résistent encore. Le Professeur X et Magneto décident d’envoyer Logan dans le passé afin d’empêcher le meurtre de Bolivar Trask, un scientifique américain responsable du programme d’armement dont la mort déclenchera le programme des Sentinelles. Wolverine arrive donc en 1973 afin de convaincre Charles Xavier et Erik Lehnsherr de stopper Mystique dans sa mission, une tâche qu’ils devront accomplir avec l’aide de Beast et de Quicksilver.

"X-Men : Le Commencement" nous entraîne aux origines de la saga X-Men, révélant une histoire secrète autour des événements majeurs du XXe siècle. Avant que les mutants n’aient révélé leur existence au monde, et avant que Charles Xavier et Erik Lehnsherr ne deviennent le Professeur X et Magneto, ils n’étaient encore que deux jeunes hommes découvrant leurs pouvoirs pour la première fois. Avant de devenir les pires ennemis, ils étaient encore amis, travaillaient avec d’autres mutants pour empêcher la destruction du monde, l’Armageddon. Au cours de cette opération, le conflit naissant entre les deux hommes s’accentua, et la guerre éternelle entre la Confrérie de Magneto et les X-Men du Professeur X éclata…

Dans le chapitre final de la trilogie X-Men, les mutants affrontent un choix historique et leur plus grand combat... Un "traitement" leur permet désormais d'échapper à ce qu'ils sont. Pour la première fois, ils ont le choix : conserver ce qui fait leur caractère unique mais leur vaut la défiance et la méfiance de l'humanité, ou bien abandonner leurs pouvoirs et devenir des humains à part entière. Les points de vue opposés des leaders des mutants, Charles Xavier, qui prêche la tolérance, et Magneto, qui croit à la survie des plus adaptés, sont plus que jamais incompatibles et vont déclencher la plus acharnée des batailles.

Toujours considérés comme des monstres par une société qui les rejette, les mutants sont une nouvelle fois au centre des débats alors qu'un crime effroyable commis par l'un d'eux relance la polémique autour de l'Acte d'Enregistrement des Mutants et le mouvement anti-mutants, dirigé par l'ancien militaire William Stryker. Quand ce dernier lance une attaque contre l'école de mutants du Professeur Charles Xavier, les X-Men se préparent à une guerre sans merci pour leur survie, aidés de Magnéto, récemment évadé de sa cellule de plastique. Parallèlement, Wolverine enquête sur son mystérieux passé, auquel Stryker, dont on dit qu'il a mené de nombreuses expériences sur les mutants, ne serait pas étranger...

1944, dans un camp de concentration. Séparé par la force de ses parents, le jeune Erik Magnus Lehnsherr se découvre d'étranges pouvoirs sous le coup de la colère : il peut contrôler les métaux. C'est un mutant. Soixante ans plus tard, l'existence des mutants est reconnue mais provoque toujours un vif émoi au sein de la population. Puissant télépathe, le professeur Charles Xavier dirige une école destinée à recueillir ces êtres différents, souvent rejetés par les humains, et accueille un nouveau venu solitaire au passé mystérieux : Logan, alias Wolverine. En compagnie de Cyclope, Tornade et Jean Grey, les deux hommes forment les X-Men et vont affronter les sombres mutants ralliés à la cause de Erik Lehnsherr / Magnéto, en guerre contre l'humanité.