Après avoir vaincu la Méchante sorcière à Oz, Tom et Jerry sont de retour au Kansas avec Dorothy ! Mais pas pour longtemps : un tout nouveau méchant surgit de ce monde magique - Le Roi Gnome ! En effet, après avoir capturé la Bonne Sorcière, le Roi Gnome et son armée sont en train de détruire Oz et il ne leur manque qu'on objet pour contrôler la Cité d'Emeraude : les souliers rouges de Dorothy. C'est donc à notre chat et notre souris favoris de retourner à Oz et de sauver le monde qu'ils aiment tant.

Tom et Jerry, qui se sont apparemment réconciliés, vivent dans une ferme du Kansas avec Dorothy, son chien Toto, la tante Em et l'oncle Henry. Leur vie tranquille est bouleversée par l'apparition d'une tornade qui emporte Dorothy, puis ses amis. Tom et Jerry se retrouvent transportés dans un monde magique. A leur arrivée, Dorothy a disparu. Le chat et la souris se mettent en quête de leur amie...