En plein milieu de la nuit, une employée du FBI est enlevée chez elle... Guidés par un ancien prêtre pédophile aux étranges visions, les agents Whitney et Drummy enquêtent. Très vite, leur investigation s'enlise : les indices sont minces et le temps presse. L'agence gouvernementale décide alors de refaire appel à Mulder et Scully. Leur expérience sur ce genre d'affaires sensibles pourrait s'avérer capitale. Mais des années ont passé depuis la fermeture du service des affaires non-résolues. Scully est redevenue médecin et Mulder, en disgrâce auprès du FBI, est introuvable...

Les inénarrables aventures de l'agent Fox Mulder et de sa coéquipière Dana Scully adaptées ici pour le grand écran. Tout commence par la découverte, au nord du Texas, d'ossements préhistoriques dans une grotte par un jeune garçon. A leur contact un mystérieux parasite pénètre sa peau et envahit son organisme. Le corps de l'enfant est évacué par un certain Bronschweig avant l'arrivée des secours. Mulder et Scully vont bientôt découvrir un projet de guerre bactériologique par la propagation d'un virus. Le nord du Texas servirait de champ d'expérimentation...