Les requins reprennent du service dans le récif et pour le plus grand malheur des poissons. Pi doit alors affronter Troy, son pire ennemi. Pour ce faire, il entraîne ses amis à l'art du "kung-fu sous-marin". Mais lorsque Ronny décide de leur mettre des bâtons dans les roues, Pi doit redoubler d'effort pour sauver les habitants du récif.

Séparé de ses parents emportés dans les filets des pêcheurs, le jeune poisson Po est conduit par des amis marsouins chez sa tante Pearl, qui habite un immense récif. Rendu à l'âge adulte, Po tombe sous le charme de Cordelia, poisson vedette qui pose pour les photographes, et parvient à conquérir son coeur. Ce qui soulève l'ire du vilain Troy, un requin-tigre qui convoite la belle et qui terrorise tout le monde. Pour éviter que le vil squale ne terrasse son petit ami, Cordelia promet à Troy de l'épouser. Po décide alors d'affronter son rival et recourt aux précieux conseils de Nerissa, une tortue centenaire réputée pour ses dons particuliers.