Suite à leur come back réussi, toute la bande des Muppets part en tournée, triomphant dans les théâtres des plus grandes capitales européennes. Mais bien malgré eux, ils se retrouvent bientôt mêlés à une affaire criminelle d’envergure internationale, un complot dirigé par le redoutable bandit Constantine - qui se trouve être le sosie parfait de Kermit -, et son malfaisant complice Dominic, alias Numéro Deux.

Tex Richman est un homme d'affaire qui compte acheter le théâtre des Muppets. Gary, Marie et Walter la marionnette se mettent alors à la recherche des anciens du théâtre, séparés depuis plusieurs années, afin de tenter de sauver cet endroit qui leur est très cher. Ils arrivent à retrouver Kermit la grenouille qui part à son tour dans le but de réunir ses anciens compagnons de scène.