Atteignant la soixantaine, Michael Corleone désire à la fois renouer avec les siens et se réhabiliter aux yeux de la société, surtout de l'Église. Il arrivera presque à ses fins, mais sa vie passée et ses anciens ennemis le rattraperont plus vite. Michael Corleone est fatigué. Il veut prendre ses distances avec les activités mafieuses de sa famille. Il veut convertir ces activités en affaires légales. Kay, son ex-femme, lui fait même accepter que leur fils devienne un chanteur d'opéra et ne reprenne pas les activités familiales. Pendant ce temps, la fille de Michael, Mary, et son neveu, le fils de Sonny, Vincent, nouent une idylle qui n'est pas la bienvenue dans la famille. Il décide d'aider le Vatican à renflouer ses caisses et reçoit en échange le contrôle d'une entreprise immobilière leur appartenant. Attisant la jalousie de ses pairs, Michael échappe de justesse à un attentat commis par l'un d'eux. Vincent se propose alors pour reprendre les affaires de la famille en main.

Depuis la mort de Don Vito Corleone, son fils Michael règne sur la famille. Amené à négocier avec la mafia juive, il perd alors le soutien d'un de ses lieutenants, Frankie Pentageli. Échappant de justesse à un attentat, Michael tente de retrouver le coupable.

La Seconde Guerre mondiale vient de s'achever. À New York, le « parrain » Don Corleone, l'un des chefs respectés de la mafia, se sent vieillir. Il refuse de s'adapter à son temps et de se lancer, comme ses pairs, dans le trafic de drogue. Une frilosité qui entrave la bonne marche des affaires des autres « familles » et qui lui vaut d'être la cible d'un attentat. Don Corleone survit à ses blessures, mais reste très diminué. Mike, son plus jeune fils, qui jusque-là se tenait à l'écart des affaires de son père, devient le plus dévoué de ses héritiers. Plus efficace que ses frères, Sonny et Fredo, il venge son père et organise l'élimination de ses adversaires…