Kronk, le complice d'Yzma dans l'opus précédent, travaille désormais comme cuisinier au restaurant du coin. Il a tout pour être heureux, sauf un foyer avec femme et enfants. Il apprend que son père veut lui rendre visite... Problème : celui-ci risque de s’apercevoir que son fils n’est toujours pas "installé". Kronk va tenter de trouver des solutions, mais pour ceci, il dispose de très peu de temps.

A la tête d'un royaume mythique se trouve Kuzco, un jeune empereur aussi capricieux que méprisant. Secondé par la perfide Yzma qui rêve de lui ravir le trône, il projette de bâtir une somptueuse résidence d'été sur une des plus jolies collines de l'empire. Il fait d'ailleurs venir le chef du village, l'imposant Pacha, pour le prévenir qu'il aura le grand honneur de voir sa maison détruite.Kuzco congédie Yzma. Folle de rage, la diablesse élabore un plan délirant et fatal. Flanquée de son sbire, Kronk, elle se prépare à éliminer le jeune empereur et à régner.Yzma invite son neveu à souper. Kronk est supposé verser du poison dans le plat de Kuzco, mais il se trompe et verse une potion qui transforme le prince en lama. Se rendant compte de leur erreur, Yzma et Kronk assomment le jeune souverain avec un vase et le balancent dans la charrette de Pacha qui part hors de la ville.