Alors que le vaisseau U.S.S. Enterprise doit se rendre aux confins de l'espace inexploré en mission de sauvetage, il subit une attaque de Krall, l'ennemi impitoyable de la Fédération. Le vaisseau s'écrase en catastrophe dans un endroit hostile inconnu et le capitaine Kirk, Spock et leur équipage se perdent de vue. Ils sont tous coincés, sans possibilité de s'échapper.

Alors qu’il rentre à sa base, l’équipage de l’Enterprise doit faire face à des forces terroristes implacables au sein même de son organisation. L’ennemi a fait exploser la flotte et tout ce qu’elle représentait, plongeant notre monde dans le chaos… Dans un monde en guerre, le Capitaine Kirk, animé par la vengeance, se lance dans une véritable chasse à l’homme, pour neutraliser celui qui représente à lui seul une arme de destruction massive. Nos héros entrent dans un jeu d’échecs mortel. L’amour sera menacé, des amitiés seront brisées et des sacrifices devront être faits dans la seule famille qu’il reste à Kirk: son équipe.

La plus grande odyssée spatiale de tous les temps voit le jour dans le nouveau Star Trek, mettant en scène le premier voyage d'un tout nouvel équipage à bord de l'U.S.S. Enterprise, le vaisseau spatial le plus sophistiqué de l'histoire. Dans ce périple semé de dangers, d'action et d'humour, les nouvelles recrues doivent tout faire pour empêcher le plan diabolique d'un être maléfique menaçant l'humanité toute entière dans sa quête de vengeance. Le sort de la galaxie est entre les mains de deux officiers que tout oppose : d'un côté, James Kirk, originaire de la rurale IOWA, tête brulée en quête de sensations fortes, de l'autre, Spock, issu d'une société basée sur la logique et rejetant toute forme d'émotion. Quand l'instinct fougueux rencontre la raison pure, une improbable mais puissante alliance se forme et sera seule en mesure de faire traverser à l'équipage d'effroyables dangers, là où personne n'est encore jamais allé.