Suite à l’escargotnapping de Gary, son compagnon de toujours, Bob entraîne Patrick dans une folle aventure vers la Cité Perdue d’Atlantic City afin de le retrouver. A travers cette mission sauvetage pleine de surprises, de merveilles et de dangers, Bob l’Éponge et ses acolytes vont réaliser que rien n’est plus fort que le pouvoir de l’amitié.

Tout baigne à Bikini Bottom pour Bob l’éponge, l’éternel optimiste et ses amis: Patrick l’étoile de mer fidèle, Carlo le calamar égoïste, Sandy l’écureuil et Monsieur Krabs, le crustacé obsédé par l’argent! Cependant tout bascule quand la recette du pâté de crabe est volée par le diabolique pirate Steak Barbare (et les mouettes qui ne le quittent jamais…) ! Pour sauver leur monde, Bob et ses amis vont unir leurs forces (avec l’aide de Plankton, l’ennemi de toujours !) et débarquer dans le nôtre ! Transformés en super-héros, ils vont apprendre à maîtriser leurs super-pouvoirs, mais … ça va faire des vagues !

À Bikini Bottom, quelqu'un a volé la couronne du roi Neptune, et le patron de Bob l'éponge, M. Krabs, figure en tête des suspects. Convaincus de son innocence, Bob et Patrick partent pour Shell City avec l'intention de le disculper et de restituer sa couronne à Neptune.