Albator était jadis un officier de l'armée. À bord de son vaisseau l'Arcadia, il a provoqué le soulèvement des forces alliées avant de disparaître du système solaire. Devenu une véritable légende après un siècle d'errance, son but reste mystérieux et lorsque son vaisseau réapparaît tel un vaisseau fantôme, de nombreuses questions resurgissent. Pourquoi Albator est-il devenu un pirate ? Pourquoi l'homme à la profonde cicatrice s'est-il révolté contre le gouvernement ? Que va-t-il faire à présent ?

Dans un futur ravagé et dominé par les humanoïdes, deux hommes vont se rencontrer et changer à tout jamais le destin de l'univers. Le premier, c'est Albator, le commandant d'un vaisseau-cargo. Il s'efforce de garder son indépendance dans le conflit qui oppose la Terre et le reste de l'univers aux Humanoïdes. Le second, c'est Alfred, un ingénieur-mécanicien. Il a construit secrètement un vaisseau de guerre, l'Atlantis, et recherche l'homme qui pourra le piloter…