Cherchant à laisser leur carrière d'enquêteur derrière eux, l'équipe de Scooby-doo part pour un voyage tous frais payés sur une mystérieuse - mais étrangement familière - île tropicale. Leur voyage va cependant prendre une nouvelle tournure dès lors qu'ils rencontrent les zombies qui peuplent l'île.

Fred, Daphné, Shaggy, Velma et leur fidèle chien Scooby-Doo ont dissous la formidable équipe qu'ils formaient pour mener leur propre destiné. Cette période de leur adolescence où mener des enquêtes et démystifier les coups bien orchestrés est maintenant chose du passé. C'est la nouvelle attraction de l'île de peur, fertile en frissons de tout genre, qui a la cote chez les jeunes aujourd'hui. Cet immense parc au large des côtes attire les foules, plus particulièrement les adolescents. Toutefois, ils n'en reviennent pas tous le teint aussi enjoué... Sans le savoir, les membres de la Mystery Machine sont tous convoqués pour passer une nuit sur cette île mystérieuse.