Misato et son groupe anti-NERV, Wille, arrivent à Paris rougie par la core-ization. L'équipage du vaisseau Wunder atterrit sur une tour de confinement. Ils ont 720 secondes pour remettre la ville sur pied. Une horde de NERV Evas apparaît et l'Unité Eva 8 améliorée de Mari doit l'intercepter. Entretemps, Shinji, Asuka et Rei flânent au Japon.

Asuka et Mari sont envoyées dans l'espace, pour y récupérer un mystérieux tesseract. Mais en pleine mission, elles sont attaquées par les anges de la SEELE. Soudain, les cris d'Asuka, qui se trouve en difficulté, provoquent l'éveil de la créature contenue dans le tesseract... Pendant ce temps, sur Terre, Kaworu Nagisa s'impatiente de faire enfin connaissance avec Shinji Ikari...

Sous l'attaque constante de monstrueuses créatures appelées Ange, qui cherchent à éradiquer l'humanité, l'agence spéciale NERV des Nations Unies, ajoute deux nouveaux pilotes d'EVA pour aider à défendre la ville de Tokyo-3 : la mystérieuse Mari Illustrious Makinami et l'intense Asuka Langley Shikinami. Pendant ce temps, Gendo Ikari et la SEELE avancent en secret sur un projet qui concerne Rei et Shinji.

Shinji Ikari, quatorze ans, se rend à Tokyo-3 sur invitation de son père, qu'il n'a pas revu depuis ses 3 ans. Il est loin de se douter qu'il sera impliqué dans un conflit qui pourrait bien signifier la fin de l'humanité quoi qu'il arrive…