Après l'incident survenu en 2116 dans l'Union de l'Asie du Sud-Est (SEAUn), Shinya Kogami reprend son voyage vagabond. Dans un petit pays d'Asie du Sud, Kogami sauve un bus de réfugiés attaqués par les forces armées de guérilla. Parmi les réfugiés se trouve une jeune femme du nom de Tenzin, qui supplie Kogami de lui apprendre à se venger de l'ennemi. Que voient la jeune fille qui veut se venger et l'homme qui a exigé la vengeance lorsqu'ils contemplent le bord d'un monde d'où il n'y a pas d'échappatoire ?

C'est l'été à Okinawa, en 2112, et Teppei Sugo est un pilote participant aux opérations militaires de la 15ème force opérationnelle interarmées des Forces de défense nationales. Trois mois plus tard, des drones armés sans pilote attaquent Tokyo et le ministère de la Défense. Pour enquêter sur l'affaire, Tomomi Masaoka, responsable de la division 1 du Département des enquêtes criminelles, se rend à la base militaire de la Défense nationale et, avec l'aide de l'inspecteur Ayonagi et Sugo, découvre la vérité derrière cette affaire.

Il s'agit d'un nouvel anime Psycho-Pass. Cette serie de trois films d'animation se déroulent après les événements du film d'animation sortie en 2015. Ce premier film se centre sur Nobuchika Ginoza et Mika Shimotsuki.