Sacha, Pikachu et leurs amis Pokémon tentent de mettre fin aux agissements de deux bandits qui se cachent à Alto Mare, une ville constituée d'eau. Se joignent à l'aventure deux nouveaux Pokémon, un frère et une sœur se nommant Latios et Latias.

En sauvant Celebi, le Pokémon légendaire qui peut voyager dans le temps, des griffes d'un braconnier, le jeune Sammy est projeté dans le futur, à l'époque de Sacha et co. Avec l'aide de ses derniers, il part à la recherche du Pokémon fée pour pouvoir rentrer chez lui, mais c'est sans compter sur la présence d'un célèbre braconnier de la Team Rocket qui est lui aussi sur les traces du Pokémon temporel.

La petite Molly Hale a toujours mené une existence solitaire. Mais un jour, son père se volatilise mystérieusement alors qu'il mène des recherches sur les Zarbi, des Pokémon disparus depuis longtemps. La situation semble s’améliorer lorsque le pouvoir des Zarbi se met à transformer le monde autour d'elle en un univers fantastique. Elle se retrouve soudain dans un palais de cristal, avec le légendaire Entei comme père ! Une seule chose manque à son bonheur : une mère. Elle décide donc de jeter son dévolu sur la mère d'une autre personne, soit celle de Sacha, Delia Ketchum ! Sacha s'attendait à passer du bon temps dans la ville de Greenfield, mais il doit désormais explorer de vastes terres désolées recouvertes de cristal pour sauver sa mère adorée. Pierre, Ondine et Pikachu l'accompagnent dans son périple, qui s'annonce ardu : Molly veut rester dans son monde féerique à tout jamais et Entei fera tout en son pouvoir pour qu'elle y parvienne !

Sacha, Ondine et Jacky arrivent sur l'île de Shamouti. Les habitants leur parlent d'une légende où trois oiseaux mythiques, Artikodin, Électhor et Sulfura, règnent sur leur île respective. Au même moment Gelardan, un collectionneur Pokémon, capture les oiseaux pour sa collection personnelle et modifie donc le climat naturel de la Terre pour faire apparaître le Gardien des Abysses, Lugia.