L'histoire du nouveau film se déroule dans la forêt d'Okoya, un paradis Pokémon protégé par des règles strictes qui interdisent aux étrangers de mettre le pied à l'intérieur. Le film se concentre sur Coco, un garçon qui a été élevé par Pokémon et se considère également comme un, traitant le Pokémon Mythique Zarude comme son père. Sasha et Pikachu rencontrent Coco lors d'une aventure.

Chaque année, à Fuura City, se tient un festival du vent. D'anciennes légendes disent que, le dernier jour de ce festival, le pokémon légendaire Lugia ferait son apparition. De nombreuses personnes participent au festival cette année : Lisa, une lycéenne qui débute en pokémon, Kagachi, un homme vantard qui ne peut s'empêcher de mentir, Torito un chercheur qui manque de confiance en lui, Hisui une vieille femme excentrique qui déteste les Pokémon et Largo, une fille mystérieuse qui se promène seule en forêt.

Ce film d’animation inédit vous dévoile pour la première fois les origines de la rencontre entre les légendaires Sacha & Pikachu et vous fait vivre leurs aventures trépidantes dans la quête de mettre la main sur le mystérieux Pokémon Ho-Oh. Le duo évolue autour des personnages emblématiques de la franchise, mais le film vous fait découvrir de nouveaux personnages, Trainers Verity et Sorrel, et même un étrange Pokémon qui répond au nom de Marshadow. Des défis hors du commun et des batailles épiques entre Pokémon foisonnent dans cette histoire unique portée par l’une des amitiés les plus aimées de la culture populaire, celle de l’intrépide Sacha et de l’énigmatique Pikachu.