Après un conflit qui a déchiré toute la région, Konoha connait enfin la prospérité et le progrès. C’est dans ce contexte paisible que Naruto est nommé 7e Hokage à la tête du Village des Feuilles. Il prépare la tenue du prochain examen de sélection des Ninjas de Moyennes Classes afin de détecter de nouveaux talents. Seule ombre au tableau : son fils Boruto, qui lui en veut terriblement car il se sent délaissé. Mais voilà que Sasuke rentre brusquement au village avec des informations inquiétantes… Boruto, en admiration devant le seul rival sérieux de son père, prend son courage à deux mains et supplie le dernier des Uchiwa de l’accepter comme disciple. Pendant les épreuves de l’examen, deux sombres individus s'attaquent à Naruto ! Boruto est tétanisé et ne doit la vie sauve qu’à l’intervention de Sasuke. Il découvre stupéfait que Naruto a disparu avec ses mystérieux agresseurs au cours de l’attaque éclair…

Dans le village de Konoha, deux années après la 4ème grande guerre des ninjas, Naruto s’apprête à célébrer la fête de l’hiver entouré d’Hinata et de ses amis. Soudain, une météorite déchire la nuit de son intense lumière et voilà que la lune se rapproche anormalement de la Terre. Le Conseil des Kage se réunit en urgence face à cette menace de destruction de la planète ! Pour Naruto, Sakura, Shikamaru, Saï et Hinata le compte à rebours pour sauver la planète a commencé.

Parmi les cinq grandes nations ninja, les ninjas de Kumo, Iwa, Kiri, Suna, possédant un Kekkei Genkai disparaissent les uns après les autres !! Le seul pays non ébranlé est le pays du feu, les autres nations commencent alors à penser que ceci n'est pas une coïncidence. Malgré la tension de la situation qui semble conduire vers une autre guerre mondiale ninja, pourquoi Kakashi est-il parti du village... ?!

Un mystérieux groupe de ninja attaque par surprise le village de Konoha et provoque de grands dommages. Le cauchemar d'une autre guerre mondiale ninja pourrait bien devenir réalité. Sasuke, qui avait quitté Konoha pour partir à la recherche de son frère Itachi, apparait dans ce film car il est chargé de chercher un rouleau qui guérira les blessures d'Orochimaru. Ce film est principalement basé sur la relation entre Naruto et Sasuke.

Il y a bien longtemps Môryô, un puissant démon, qui avait mené le monde au bord de la destruction, est aujourd'hui ramené à la vie par un être malfaisant. La nouvelle mission de Naruto est de protéger Shion, la prêtresse du Pays du Démon, menacée par Môryô. Elle est en effet la seule capable de sceller son âme maléfique. Elle a aussi un autre don : prédire le destin d'une personne sans jamais se tromper ! Sa dernière prédiction : Naruto va bientôt mourir'. Le seul moyen pour Naruto d'échapper à ce présage serait d'abandonner Shion au démon, mais ce n'est pas vraiment son style !

Naruto, Kakashi, Sakura et Lee sont envoyés en mission pour escorter un prince durant son voyage à travers le monde pour ensuite le ramener chez lui, au pays de la Lune. Étant un pays très riche, le prince n'hésite pas à acheter tout ce qu'il voit, et lors de son voyage il tombera sur un cirque qui possède un tigre à dents de sabre très rare et le prince veut le posséder à tout prix. Il achète alors le zoo entier. La mission de l'équipe 7 et Lee qui était de simplement protéger le prince se transforme en une mission pour protéger et le prince qui n'écoute personne et les animaux qu'il vient d'acheter. Mais ils parviennent malgré cela à rentrer au pays de la Lune, indemnes. Cependant, trois ninjas aux techniques terrifiantes les attendent.

Naruto, Sasuke et Sakura sont chargés d'escorter Yukie Fujikaze, une actrice célèbre, au pays des neiges, lieu de son prochain tournage. Mais Yukie n'est pas décidée à faire le voyage. Toujours courageuse à l'écran, l'actrice semble dissimuler de lourds secrets... Naruto et son équipe vont aider Yukie à affronter son destin et à renouer avec son passé.