The story follows Sunset Shimmer, who (using her powers) finds out that her friends' memories of her have been mysteriously erased, resulting in them getting amnesia. Determined to set things straight, she'll need Princess Twilight's help from Equestria in order to find out the source of what caused her friends' memory loss.

Les élèves du lycée de Canterlot participent à une excursion au Camp Everfree, un camp nature dirigé par Gloriosa Daisy et son frère Romain Desbois (Timber Spruce en VO). Pendant le trajet en bus, Twilight Sparkle fait un cauchemar où elle se transforme en "Midnight Sparkle", son alter ego maléfique apparu pendant les Jeux de l'Amitié. Son amie Sunset Shimmer la soutient en lui expliquant qu'elle aussi s'était transformée en démon. Peu de temps après leur arrivée au camp, Twilight développe des pouvoirs de télékinésie, qu'elle suspecte être un signe de la présence de Midnight Sparkle.

Twilight Sparkle se rend à l'empire de Crystal accompagnée de ses amis pour son premier sommet royal en tant que princesse. Mais pendant la nuit, elle se fait voler sa couronne par Sunset Shimmer, l'ancienne apprentie de Celestia. Lorsque Twilight tente de récupérer sa couronne, celle-ci est projetée à travers un miroir magique menant à une dimension alternative, suivie par Sunset Shimmer. Si la couronne n'est plus à Equestria, les éléments d'harmonie n'ont plus de pouvoir et le royaume se retrouve privé de son plus grand moyen de défense. Twilight est donc chargée d'aller récupérer sa couronne en compagnie de Spike dans l'autre dimension qui n'est autre que celle des humains. Elle n'a que 2 jours pour la retrouver avant que le portail dimensionnel ne se ferme et qu'elle reste coincée dans le monde des humains pendant 30 lunes.