Lord Raiden, protecteur d'Earthrealm, doit rassembler dans une bataille ultime les plus grands combattants de son royaume, afin de le défendre du démoniaque Shang Tsung.

Les héros voyagent vers le Outworld pour défendre la Terre lorsque Scorpion se met à la recherche de l'ancien Kamidogu. Le tournoi Mortal Kombat déterminera le sort de tous les royaumes.