Au large des côtes égyptiennes, un mégalodon réapparait du fond des mers. Pour contrer cette nouvelle menace, le gouvernement américain a mis au point un projet top-secret : la création d’un requin mécanique gigantesque doté des mêmes caractéristiques que le mégalodon. Un couple de scientifiques va devoir piloter ce sous-marin ultra sophistiqué pour faire face à ce terrible adversaire. Mais la bataille est loin d’être gagnée…

Dans les profondeurs de la jungle, l'aventurier Nigel Putnam est chargé de traquer un crocodile géant qui menace le monde. Pendant ce temps, l'USS Gibson capture un requin d'environ un kilomètre de long. Mais le monstre s'échappe et détruit tout sur son passage. Pour s'en débarrasser, Nigel ne voit qu'une solution : faire s'affronter les deux créatures afin qu'elles s'entretuent...

Les côtes californiennes deviennent le théâtre d'un surprenant mais non moins terrifiant spectacle: deux monstres marins, Mega Shark et Octopus, se battent en duel détruisant tout sur leur passage. Quand l'US Navy décide d'intervenir, le Mega Shark en colère s’attaque aux humains. Emma, une courageuse jeune femme, décide de stopper le carnage par tous les moyens.