Le colonel Nascimento est chargé de maîtriser une émeute dans l’une des prisons les plus violentes du Brésil où trois gangs sont en guerre ouverte. Les forces de la BOPE (Bataillon des opérations spéciales de police) sont contraintes d'accepter l'intervention d'un intermédiaire : un activiste politique qui est sensé calmer les tensions entre les émeutiers et la police. Cependant, la situation dégénère rapidement et tourne à la prise d'otage pour déboucher sur un véritable carnage. Démis de ses fonctions, Nascimento est nommé à un secrétariat d’État. Il va alors découvrir à quel point la corruption règne aux plus hauts niveaux de l’Etat.

1997, Les milices armées liées au trafic de drogue contrôlent les favelas de Rio. Rongée par la corruption, la police n'intervient plus sur le terrain. Les forces d'élite du BOPE (Bataillon des opérations spéciales de police) sont livrées à elles-mêmes dans leur lutte sans merci contre les trafiquants. Mais le maintien de l'ordre a un prix : il est de plus en plus difficile de distinguer le bien du mal, de faire la différence entre l'exigence de justice et le désir de vengeance.