Plusieurs incidents inexplicables se produisent un peu partout et des enfants élus du monde entier perdent connaissance. Menoa et son assistant Imura - deux universitaires dont le domaine de recherche sont les Digimon – sollicitent Taichi et ses amis pour tenter d’élucider ces mystérieux phénomènes. Ils leur expliquent qu’Eosmon, un Digimon inconnu, serait à l’origine de tous ces incidents. Ensemble, ils décident d’unir leur force pour l’affronter dans une terrible bataille. Mais l’issue du combat révèle une vérité bien difficile à admettre : lorsqu’un enfant élu devient adulte, son partenaire Digimon disparaît… La menace continue de se propager et touche bientôt les amis proches de Taichi. Ce dernier va alors se retrouver confronté au pire des dilemmes : choisir entre ses amis et son Digimon. Doit-il sauver ses amis, au risque de perdre son partenaire Digimon, son compagnon le plus cher ?

Un nouveau Digimon doté de supers pouvoirs sort de son œuf et commence à absorber toutes sortes de données digitales à un rythme effréné. Ce Digimon de l'Internet évolue bientôt vers son milieu, Diabormon, et finit par maîtriser tous les moyens de communication de notre planète. Il prépare alors une explosion nucléaire au Japon. Le temps presse et seuls les efforts combinés d'un réseau international d'enfants, épaulés par un nouveau héros Digimon baptisé Omnimon, peuvent empêcher ce désastre à grande échelle. Dans une deuxième aventure, un des plus fervents supporters des digi-élus est un jeune Américain nommé Wallace, par ailleurs compagnon de jumeaux Digimon. Cependant, le combat qui fait rage sur le Web finit par le séparer de l'un de ses amis.