Steve Rogers est désormais à la tête des Avengers, dont la mission est de protéger l’humanité. À la suite d’une de leurs interventions qui a causé d’importants dégâts collatéraux, le gouvernement décide de mettre en place un organisme de commandement et de supervision. Cette nouvelle donne provoque une scission au sein de l’équipe : Steve Rogers reste attaché à sa liberté de s’engager sans ingérence gouvernementale, tandis que d’autres se rangent derrière Tony Stark, qui contre toute attente, décide de se soumettre au gouvernement…

Après les événements cataclysmiques de New York de The Avengers, Steve Rogers aka Captain America vit tranquillement à Washington, D.C. et essaye de s'adapter au monde moderne. Mais quand un collègue du S.H.I.E.L.D. est attaqué, Steve se retrouve impliqué dans un réseau d'intrigues qui met le monde en danger. S'associant à Black Widow, Captain America lutte pour dénoncer une conspiration grandissante, tout en repoussant des tueurs professionnels envoyés pour le faire taire. Quand l'étendue du plan maléfique est révélée, Captain America et Black Widow sollicite l'aide d'un nouvel allié, le Faucon. Cependant, ils se retrouvent bientôt face à un inattendu et redoutable ennemi - le Soldat de l'Hiver.

1941, la Seconde Guerre Mondiale fait rage. Après avoir tenté vainement de s'engager dans l'armée pour se battre aux côtés des Alliés, Steve Rogers, frêle et timide, se porte volontaire pour participer à un programme expérimental qui va le transformer en un Super Soldat connu sous le nom de Captain America. Sous le commandement du colonel Chester Phillips, il s'apprête à affronter HYDRA, l'organisation scientifique secrète des nazis dirigée par le redoutable Crâne Rouge, aux côtés de Bucky Barnes et Peggy Carter...