Infectés par des "nanites", cellules microscopiques modifiées, Ben, Gwen et Kevin vont devoir faire face à Rex , un personnage qui a la capacité incroyable de se développer sur des machines grace à son corps. Recruté par une organisation appelée la Providence, Rex parcourt le monde et enquête sur une série de mutations biologiques qui ont été créés par les mêmes "nanites" qui donnent à Rex ses pouvoirs. Rex étant une génératrice de l'homme qui a soif de gouverner la planete terre, seul nos héros pourront l'arrêter et empêcher le massacre de s'accomplir, y arriveront t-il ?

Les vacances s'achèvent pour Ben Tennyson, sa cousine Gwen et leur Grand-père Max. A la fin de l'été où Ben a découvert l'Omnitrix tous trois retournent pour la rentrée à leur ville natale de Belwood, au désespoir de Ben, qui doit donc arrêter de jouer les super-héros pour reprendre une vie normale. Cependant, cette fin n'est pas aussi calme qu'il l'aurait cru : Eon, un très ancien extra-terrestre capturé jadis par les Plombiers, s'échappe de sa prison. Il souhaite à présent retrouver Ben et l'Omnitrix pour un plan destiné à permettre une invasion de son peuple sur Terre...