L'histoire se déroule un an après le premier film. On y suit les deux survivants rentrer chez eux et tenter d'alerter l'opinion publique sur ce qui s'est passé sur l'île. Leurs déclarations provoquent un chaos sur tout le pays, violemment réprimé par le pouvoir militaire. Ce dernier décide alors de faire participer les deux opposants à la deuxième session de Battle Royale en compagnie d'une classe beaucoup moins tendre que la précédente.

Dans un avenir proche, les élèves de la classe B de 3ème du collège Shiroiwa ont été amenés sur une île déserte par une armée mystérieuse. Un adulte surgit tout à coup devant eux : leur ancien professeur Kitano. Il leur annonce qu'ils vont participer à un jeu de massacre dont la règle consiste à s'entretuer. Seul le dernier des survivants pourra regagner son foyer. Kitano leur présente deux nouveaux élèves très inquiétants. Des coups de feu retentissent pour convaincre les incrédules. Selon la loi de réforme de l'éducation pour le nouveau siècle, ce sacrifice permettra de former des adultes sains. Abandonnés chacun à son sort avec de la nourriture et une arme, les adolescents disposent d'un délai de trois jours pour s'entretuer.