Lorsqu'un dossier top secret est volé par effraction dans les labos de S.T.A.R. par Poison Ivy et Floronic Man, alias Jason Woodrue, une vague de crimes et de chaos se déclenche. Le Chevalier Noir et Nightwing sont sur l'affaire mais font appel à une aide innatendue: Harley Quinn !

Batman doit composer avec plusieurs de ses anciens ennemis. Cependant, une nouvelle présence nocturne vient brouiller les pistes. Batwoman, émule féminine de Batman vient compliquer le travail du Chevalier noir de Gotham City.

Lorsque Mr Freeze séquestre Batgirl pour lui prélever des organes afin de ramener à la vie sa défunte épouse, c'est au tour de Batman et Robin de les retrouver avant que la chirurgie ne débute...

Un parrain de la pègre est assassiné par un homme en cape noire. Le nouveau procureur Arthur Reeves accuse Batman. Désormais traqué, Batman enquête pour retrouver le véritable meurtrier. Mais dans le même temps, Bruce Wayne retrouve aussi une ancienne petite-amie, Andréa Beaumont, dont le père fut autrefois mêlé aux affaires des gangsters tués. L'occasion pour le chevalier noir de replonger dans son passé, à l'époque où il faillit renoncer à devenir un justicier...