Balto et son fils Kodi découvrent que la technologie pourrait mettre en danger le travail des chiens de traîneau : l'avion va beaucoup plus vite pour livrer le courrier et les vivres à Nome. Pour les départager, on organise une course entre Balto, qui mène une équipe en traîneau et un pilote aux commandes d'un petit avion. Quand Duke, le pilote n'arrive pas à destination, certains chiens jubilent d'avoir prouvé leur supériorité, mais Balto sait que quelque chose ne va pas..

Balto est maintenant le père d'Aleu. Celle-ci découvre qu'elle ne sera jamais acceptée de la même façon que ses frères et soeurs, car elle ressemble davantage à un loup qu'à un chien. Bouleversée, elle s'enfuit en quête du sens de la vie et de sa vraie place dans le monde. Inquiet, Balto part à sa recherche...

En 1925, dans le village de Nome, en Alaska, vit Balto, moitié loup - moitié husky, rejeté par les autres chiens et souffrant terriblement de sa condition. Un jour, une grave épidémie s'abat sur le village. Toutes les routes sont bloquées par un violent blizzard. Le seul moyen de faire venir des médicaments jusque-là est d'envoyer des chiens braver la tempête. Balto va enfin pouvoir faire la preuve de son courage, de son adversité et de sa loyauté.