Azumi poursuit son combat pour libérer son pays des guerriers. Elle doit à présent affronter le dirigeant du gouvernement et son armée de ninjas. Elle est pour cela aidée de son compagnon Nagara.

Dans un Japon déchiré par la guerre, le shogun Tokugawa, désespéré de rétablir la paix à son peuple, ordonne l'assassinat des chefs de guerre hostiles. Une belle jeune femme, avec neuf autres orphelins, est élevée depuis sa naissance à devenir un assassin. Son nom est Azumi, l'assassin ultime.