Un Alien issu d'un Predator, appelé Predalien, décime un vaisseau Predator, mettant hors d'état de fonctionnement ce dernier, qui s'écrase sur Terre, non loin de Gunnison, une ville américaine. Rapidement, les face-huggers retenus en captivité dans le vaisseau s'échappent, ainsi que le Predalien, contaminant peu à peu les habitants de la ville. En réponse à ce grave incident, un ancien Prédator expérimenté, surnommé Wolf, est envoyé sur Terre afin d'éliminer la menace Xénomorphe, effacer toutes les preuves concernant l'existence des Aliens et des Predators, mais surtout, éliminer le terrible danger que représente le Predalien.

Une mystérieuse onde de chaleur, émanant du cœur de la banquise, se propage à travers l'Antarctique. Pour étudier ce phénomène, Charles Bishop Weyland finance une expédition scientifique pilotée par Alexa Woods. L'équipe découvre une pyramide renfermant des vestiges de civilisations aztèque, égyptienne et cambodgienne. Constituées d'un labyrinthe de « chambres », les issues se referment brutalement sur plusieurs membres de l'expédition. Des Predators retiennent captive une reine Alien dont ils livrent les descendants aux jeunes Predators lors de rituels.