Pour obtenir l'exclusivité mondiale du puissant insecticide mis au point par le professeur Strobel, un magnat de la chimie enlève la fille du scientifique, avec la complicité de mercenaires ninjas. Joe, un Américain ceinture noire, flanqué d'un jeune ninja de 12 ans, part affronter le terrible gang...

Sean Davidson et Carl Brackston sont envoyés pour libérer un commando d'élite de la Delta Force prisonnier d'une bande de ninjas. Ils sont également chargés d'y détruire un dispositif nucléaire. Hélas, ils sont eux aussi faits prisonniers. Le gouvernement américain envoie alors Joe Armstrong, un ninja, ancien membre de la CIA.

Jackson est de retour, et il a maintenant un nouveau partenaire, champion de karaté : Sean. Ils doivent faire face à une organisation terroriste connue sous le nom «Le Cobra», et qui a infecté Sean avec un virus. Sean et Jackson n'ont pas d'autre choix que lutter contre le Cobra et sa bande de ninjas.

Le soldat Joe Armstrong et le sergent Curtis Jackson débarquent sur l'île de Saint Thomas, dans les Caraïbes. Ils ont pour mission Top Secrète d'enquêter sur plusieurs disparitions mystérieuses de soldats américains... Très rapidement, Joe Armstrong et Curtis Jackson découvrent l'existence d'une base secrète où les militaires disparus sont reconditionnés pour devenir de redoutables guerriers Ninjas. Spécialement entrainés ils sèment la mort partout sur leur passage !

Joe Armstrong, un soldat américain, stationne aux Philippines. Il y affronte une organisation de ninjas, qui vole les armes de l'armée.