Quatre frères et soeurs vivent avec leur mère. L'ainé, Akira, s'occupe de ses jeunes frères et soeurs, chacun d'un père différent. Un matin d'hiver, leur mère disparaît et les enfants commencent à vivre seuls.

Situé à Hokkaido, au Japon dans les années 1880. Jubei Kamata (Ken Watanabe), qui est du côté du gouvernement de shogunat d'Edo, tue beaucoup de gens. Son nom est tristement célèbre à Kyoto. Quand la bataille de Goryoukaku est sur le point d'être terminé, Jubei disparaît. 10 ans plus tard, Jubei vit avec son enfant dans une paix relative. Il est à peine capable de vivre. Protégeant la tombe de sa femme morte, Jubei a décidé de ne jamais ramasser une épée à nouveau, mais en raison de la pauvreté, il n'a pas d'autre choix que de prendre à nouveau l'épée. Jubei devient un chasseur de primes.

Une nouvelle rentrée se prépare au lycée Suzuran. Les boss de l’établissement, Genji et Tamao, ont été diplômés. Une bataille s’engage alors entre les nouveaux lycéens pour déterminer qui contrôlera l’établissement...

Alors que les culottes du monde entier sont en train de disparaître, Aiko a des doutes sur ses sentiments envers Kyosuke et décide de partir avec la culotte avec laquelle le jeune homme se transformait en Hentai Kamen pour combattre le mal. Souffrant du départ de Aiko, le héros décide de se retirer, c'est alors qu'un nouveau grand méchant apparaît...

Les Yorozuya vont chasser des scarabées dans la forêt. Par hasard, ils rencontrent le Shisengumi. Après plusieurs péripéties, Okita previent Gintoki qu'un tsujigiri (personne qui teste l'efficacité de son nouveau katana en s'attaquant à un adversaire humain) s'en prend à de nombreuses personnes. Au même moment, Gintoki reçoit une requête : il doit retrouver le voleur du Benizakura, un sabre qui serait maudit...

Mitsuhama, une petite ville portuaire du Japon sans intérêt. Abandonnés par leurs parents, Taira et Shōta Ashiwara, deux frères adolescents, vivent dans un chantier naval en bord de mer. Taira se bat souvent avec les élèves d’un autre quartier de la ville, mais un jour il disparaît après avoir été passé à tabac. Tandis que Shōta part à sa recherche, Taira se lance dans une violente expédition dans les rues de la ville, en quête d’hommes costauds à frapper, ne suivant que l’obstination de son ego qui refuse la défaite. Arrêtera-t-il un jour de se battre ?