Adaptation fidèle, pour le cinéma d'animation, de la vie des Frank immortalisée par le journal d'Anne, au cours de la Seconde Guerre mondiale, en Hollande ou ils vivaient caches de la police nazie. Otto Frank, le père d'Anne, avait réussi a organiser une retraite discrète, l'annexe, a Amsterdam même, ou bientot la famille Van Daan et le docteur Dussel qui fuyaient également les persécutions nazies les rejoignirent. Dénonces le 4 août 1944, les habitants de l'annexe sont tous arrêtes et déportes. Un seul survivra aux camps, Otto, le père d'Anne.

D'après les rapports d'experts américains, le Japon devrait être englouti par les eaux sous trente ans. Les deux nations travaillent à chercher une solution lorsqu'un scientifique Japonais revoit l'estimation à la baisse: la disparition de l'archipel devrait intervenir dans les mois qui viennent, immergé par les vagues.