Utena, une jeune fille prétendant vouloir devenir un prince, arrive dans sa nouvelle académie. Après la rencontre avec son ex-petit ami, elle reçoit une bague, le Sceau de la Rose. Celui-ci l'entraîne dans une série de duels dont le vainqueur prend possession de Himemiya Anthy, une jeune fille aussi mystérieuse qu'extravertie. Après une victoire sur Saionji, un autre duelliste, elle prend « possession » d'Anthy et commence à découvrir ce qui se trame dans l'académie…

Yakumo, monarque déchu du Royaume des Ombres arrive sur Terre pour ouvrir les cinq portes. Les éléments sacrés qu'elles enferment lui serviront à faire renaître son univers. Banni après avoir perdu la guerre contre le Royaume des Morts, le temps de la vengeance est enfin arrivé. Yusuke et ses amis, prévenus du danger par Botan, parviendront-ils à contrer les plans de Yakumo ?