Naruto, Sasuke et Sakura sont chargés d'escorter Yukie Fujikaze, une actrice célèbre, au pays des neiges, lieu de son prochain tournage. Mais Yukie n'est pas décidée à faire le voyage. Toujours courageuse à l'écran, l'actrice semble dissimuler de lourds secrets... Naruto et son équipe vont aider Yukie à affronter son destin et à renouer avec son passé.

Un pouvoir mystérieux transporte Gintoki dans un avenir où il n'existe pas. Il se retrouve là dans les rues d'une Edo en ruine. Les seuls gens étant restés sur la Terre désolée sont les pauvres, les Jouishishi qui tentent d'anéantir le gouvernement, les voyous qui profitent du relâchement de la loi, et ceux qui ont obstinément refusé de fuir alors que la fin approchait. Alors qu'il erre, Gintoki rencontre deux jeunes gens. Un jeune homme à lunettes portant un sabre de bois marqué « Lac Touya », réglant son compte à une bande de voyous, puis une jeune femme portant des habits chinois aux mêmes motifs que les siens, accompagnée d'un chien gigantesque : ce sont Shinpachi et Kagura devenus adultes. Il découvre alors petit à petit cet avenir radicalement différent ainsi que la choquante vérité.

À Kyoto, un lycéen tente par tous les moyens dont il dispose d’attirer l’attention de la jeune fille dont il est amoureux.

L'histoire se déroule 6 ans après les événements de Digimon Adventure et 3 ans après ceux de Digimon Adventure 02 (les films étant également comptabilisés). Suite au combat contre Belial Vamdemon, le Digital World s'est refermé et les Elus ont repris leur vie dans le monde réel. Mais un jour, Kuwagamon apparaît subitement à Odaiba. Témoin de la scène, Taichi Yagami, désormais 17 ans, le prend en chasse, seul, mais il comprend bien vite qu'il est impuissant sans son partenaire. C'est alors qu'un miracle se produit.