En 2131, les bioroïds - clones créées pour réfréner les passions humaines - vivent en harmonie avec leurs créateurs dans la belle cité d'Olympus. A l'aube d'une nouvelle menace, le commandant Deunan est mandaté pour empêcher un génocide bioroïd. Mais cette guerrière d'élite se révèle être la pièce maîtresse d'un puzzle dont elle ignore encore les règles et les conséquences : la survie des deux espèces.

Au Japon, dans la ville de Karakura, des esprits font leur apparition. Le monde est alors menacé de destruction par le groupe Dark One. Ichigo et ses amis vont tout tenter afin de sauver le monde.

Alors que Jin Kazama et son père, Kazuya Mishima, se livrent une guerre sans répit par corporations interposées, Anna Williams, la sœur machiavélique de Nina et bras droit de Kazuya, décide de prendre la situation en main. Elle parvient à mettre Ling Xiaoyu de son côté, l’obligeant à pister un mystérieux lycéen qui se révèle être un ancien camarade de Jin : Shin Kamiya. Mais dans ce lycée ultra-moderne de Kyoto, Alisa Boskonovitch, jeune fille extravagante, veille sur Shin. Xiaoyu parviendra-t-elle à découvrir le secret qui lie Jin et Shin ? Et qui est cette mystérieuse Alisa dont le nom de famille intrigue au plus haut point ?