Utena, une jeune fille prétendant vouloir devenir un prince, arrive dans sa nouvelle académie. Après la rencontre avec son ex-petit ami, elle reçoit une bague, le Sceau de la Rose. Celui-ci l'entraîne dans une série de duels dont le vainqueur prend possession de Himemiya Anthy, une jeune fille aussi mystérieuse qu'extravertie. Après une victoire sur Saionji, un autre duelliste, elle prend « possession » d'Anthy et commence à découvrir ce qui se trame dans l'académie…

Trois années se sont écoulées depuis que la déesse Belldandy et ses deux sœurs sont entrées dans la vie de Keiichi Morisato, le jeune étudiant. En cette nouvelle rentrée universitaire Celestin, l’ancien mentor de Belldandy, fait son apparition. Il vient demander à Belldandy de l’aider à bâtir un nouveau monde. Mais suite à un malentendu, il lui fait perdre la mémoire et propage un virus qui ravage le réseau informatique céleste, menaçant le monde entier ! Pour couronner le tout, la belle Morgan, une nouvelle recrue du club de mécanique, tente de séduire Keichi... La force de leur amour sauvera-t-elle le monde ?

Quelques années après les événements de l'OAV Armitage III, Naomi et Ross sont toujours ensemble et élèvent leur petite fille Yoko en vivant sous de fausses identités. Le gouvernement de Mars souhaite entamer la phase Zephyria du programme de terraformation qui achèvera le plan de colonisation en dotant la planète rouge de ses propres océans. D'un autre côté, les dirigeants de la Terre préférerait voir ce monde demeurer une colonie à leur botte...