Tokyo, 2020. Shiori Genpo est une descendante de la famille Phantomhive et de Ciel qui avait passé un contrat avec le majordome démoniaque Sebastian Michaelis. Afin de remplir au mieux son rôle d’héritière, la jeune fille se fait passer pour un garçon et emprunte le nom de Kiyoharu. Dans cette époque, le monde est divisé entre l’Est et l’Ouest et Shiori travaille pour la Reine Occidentale. Elle reçoit pour mission d’enquêter sur une série d’enlèvements et de meurtres mystérieux. Des dizaines de politiciens occidentaux sont retrouvés momifiés avec une carte du Diable en signature. Pour l’épauler dans cette affaire, Shioriressent le besoin de faire appel à Sebastian et passe alors un contrat avec lui.

Kei Nagai meurt dans un accident de voiture mais son corps est récupéré et son cerveau est relancé. Après l'accident, Kei apprend qu'il est un type d'immortel connu sous le nom de ajin (demi-humain). Ajin est considéré comme dangereux par les humains. Kei est recruté par le gouvernement et envoyé dans un centre de recherche. Là, il est détenu et subit des expériences douloureuses. Sato est aussi un ajin mais lui est un terroriste. Kei ne veut pas participer aux projets de Sato qui consistent à commettre des meurtres de masse contre des humains.