Japon, printemps de l'année 1956. Alors que le pays peine à se remettre des blessures infligées par la terrible guerre, toute l'attention de l'école primaire de Kiba, un faubourg de Tokyo, est focalisée sur un concours local de chant. Sous la direction de Mademoiselle Sakamoto, le groupe de jeunes choristes oublie peu à peu les privations de l'après-guerre, guéries par la magie de la musique. Après de durs mois de préparation, un événement oblige l'école primaire à se retirer de la compétition, mais les élèves de Kiba ne l'entendent pas de cette oreille...

Nous sommes en 2027 soit un an après la fin de la guerre-non nucléaire. Une ville relativement paisible appelée New Port est attaquée par des terroristes. L’armée japonaise décide de répliquer en postant son armée en plein cœur de New Port. Mais les terroristes frappent à nouveau. Une enquête est ouverte par le gouvernement nippon et celle-ci est confiée à la section 9 dirigée par Daisuke Aramaki. Afin de renforcer son effectif, le leader de la section 9 a intégré à son équipe un nouveau membre : une jeune demoiselle répondant au nom de major Motoko Kusanagi.

Ghost in the Shell : Arise est un ensemble de 4 films qui racontent l'histoire de Mokoto Kusanagi et de comment elle a rejoint la section 9. On la découvre plus jeune, depuis sa précédente occupation jusqu'au recrutement de l'ensemble des membres de son équipe. Celui ci est la suite directe de Ghost in the Shell: Arise - Border

Kusanagi et Bâto enquêtent sur les agissements d'une organisation terroriste dont le symbole est une Scylla. Togusa enquête de son côté sur le meurtre d'un homme qui transportait des jambes artificielles fabriquées par la Mermaid's Leg corporation.