Seul rescapé de l'attaque d'un navire de pêche par des insectes géants, Hiroshi Okumura révèle que ces monstres ont été libérés suite au réveil d'un monstre géant, qu'il reconnaît comme étant Godzilla. Ce dernier détruit un sous-marin nucléaire russe dont il se nourrit de l'énergie, jusqu'à atteindre la taille de 80 mètres. Il se dirige ensuite vers Tokyo.

Japon, 1932. Après la mort de leur maître, deux élèves s'engagent sur deux voies radicalement différentes. L’un obéit à la lettre aux préceptes de son maître et se contente de contrer les coups de ses adversaires. L’autre ne comprend pas la pertinence d’apprendre à se battre pour simplement parer les attaques. Il n’hésite pas à frapper le premier. Alors que le second mène la police militaire japonaise dans des raids contre les dojos, le premier cherche à défendre les faibles et à déjouer les machinations d’une bande de proxénètes. Leurs parcours de croiseront de nouveau et permettra de savoir qui est le digne héritier du maître, capable de porter la ceinture noire....

À la fin de l’ère Edo, un samouraï, Sanjuro, arrive dans un village écartelé entre deux bandes rivales, menées d’un côté par le bouilleur de saké, de l’autre par le courtier en soie. Les deux bandes veulent s’adjoindre les services de Sanjuro…