Un accident dans les essais d’un bouclier magnétique révolutionnaire précipite une unité de l’armée japonaise, 460 ans dans le passé, à l’époque où les seigneurs de la guerre se partageaient le pays. Conscient de l’immense pouvoir que lui donnent hélicoptères de combat et blindés, le colonel Matoba prend le contrôle de la région. Envoyée au cours de la faille dans l’espace-temps, une autre unité de l’armée arrive en 1549. Sa mission : empêcher que Matoba détourne le cours de l’histoire…

Ishikawa Goemon met la main sur un objet secret, ce qui provoque la colère du sanguinaire Toyotomi Hideyoshi. Sa tête mise à prix, le voleur virtuose va rapidement se retrouver au centre d'un écheveau de vengeances et de complots.

À l’aube d’une ère nouvelle, le légendaire tueur Battosai décide de se retirer. Dix ans plus tard, un homme doté d’une incroyable dextérité fait son apparition. Ce combattant hors pair qui se fait appeler Kenshin rôde tel un vagabond sur les routes du Japon. Armé d’un sabre dont la lame ne peut pas tuer, il tente de protéger un idéal dans une nation plongée dans le chaos...

Après une courte accalmie, le valeureux Kenshin Himura (Sato Takeru) reprend du service, et fait face à Makoto Shishio (Fujiwara Tatzuya) qui tente de renverser le gouvernement Meiji. Le sort du pays se trouvant alors entre ses mains, Himura Kenshin reprend l’épée qu’il s’était pourtant juré de ne jamais plus utiliser…

Après avoir remercié Kaoru (Takei Emi) qui tentait désespérément de l’arrêter, Kenshin (Sato Takeru) se rend finalement à Kyoto. Là-bas, armé de son sabre, il va devoir faire face à son ennemi le plus redoutable jusqu’à maintenant : Shishio (Fujiwara Tatsuya), l’homme que tout le monde craint. Mais c’est sans compter les nombreux alliés de Sojiro qui vont se mettre sur son chemin.

Morikawa vit avec son père à Okayama. Depuis peu, elle fait des rêves étranges. Soudain, un jour, son père se fait arrêter. Avec l'aide de son ami Morio, Morikawa est bien décidée à libérer son père, mais aussi à démêler le mystère de ses rêves.

Quand le lycéen Ichigo est soudain investi de pouvoirs de shinigami, il aimerait les rendre... Mais il va tout d'abord devoir récolter quelques âmes.

En 1879, Kenshin se bat avec ses alliés contre son plus grand ennemi : son ancien beau-frère Enishi Yukishiro, entouré de ses sbires qui ont juré de se venger.

Le passé de Kenshin le rattrape et provoque la destruction du restaurant Akabeko, qui était l'endroit préféré de Kenshin pour manger. Il y trouve une note avec le mot "Jinchû"...

Une équipe de scientifiques est parvenue à capter l'énergie d'un enfant fantôme grâce au cube inventé par le brillant Hashimoto. L'enfant, isolé dans un appartement désert, marmonne des mots incompréhensibles. Hashimoto enrôle l'agent Ye, qui lit sur les lèvres, pour découvrir ce que l'enfant peut nous révéler sur la vie... et surtout sur la vie après la mort.