L'armée tente encore et toujours de tuer Godzilla, tandis que le Pr Shinoda suit le monstre à la trace pour tenter de percer le secret de son invulnérabilité. Un étrange météore est retrouvé au fond de l'eau et remonté. Le météore ne tarde pas à dévoiler sa vraie nature : un OVNI dont l'occupant s'intéresse de très près au pouvoir régénérateur de Godzilla...
Situé à Hokkaido, au Japon dans les années 1880. Jubei Kamata (Ken Watanabe), qui est du côté du gouvernement de shogunat d'Edo, tue beaucoup de gens. Son nom est tristement célèbre à Kyoto. Quand la bataille de Goryoukaku est sur le point d'être terminé, Jubei disparaît. 10 ans plus tard, Jubei vit avec son enfant dans une paix relative. Il est à peine capable de vivre. Protégeant la tombe de sa femme morte, Jubei a décidé de ne jamais ramasser une épée à nouveau, mais en raison de la pauvreté, il n'a pas d'autre choix que de prendre à nouveau l'épée. Jubei devient un chasseur de primes.
A bizarre medical exam of a nude woman by several doctors and scientists reveal that their latest subject has committed suicide before giving birth to one of the mutant creatures they had placed within her body. So, an investigative crew of scientists (along with a large human mutant cyclops creature) head out to the city streets to obtain a new donor/victim in the form of a young girl. Gore and Z-Grade mayhem ensue.