Japon, été 1945. Après le bombardement de Kobé, Seita, un adolescent de quatorze ans et sa petite sœur de quatre ans, Setsuko, orphelins, vont s'installer chez leur tante à quelques dizaines de kilomètres de chez eux. Celle-ci leur fait comprendre qu'ils sont une gêne pour la famille et doivent mériter leur riz quotidien. Seita décide de partir avec sa petite sœur. Ils se réfugient dans un bunker désaffecté en pleine campagne et vivent des jours heureux illuminés par la présence de milliers de lucioles. Mais bientôt la nourriture commence cruellement à manquer.

A l'aube de la Restauration de l'empereur Meiji, un samouraï de basse caste, Munezo Katagiri, secrètement amoureux de la servante Kie, se trouve pris dans les luttes politiques entre clans. On lui ordonne de tuer son ancien ami Hazama, condamné à la suite d'un complot qui a ébranlé le clan. Il est écartelé entre son devoir, son amour impossible pour Kie, d'une caste inférieure, et la fidélité à son compagnon de sabre...