Une farce se tramant autour d'un restaurant de soupes de nouilles d'une jeune veuve nous fait découvrir un Japon peu orthodoxe. Tout se renverse dans les traditions quand Goro, routier a la dégaine de cow-boy, entre dans la vie de Tampopo et décide de lui montrer comment on fait une soupe de nouilles réussie. Alors que les ouvriers n'ont que dix-huit minutes pour déjeuner, Juzo Itami déclare: "Les seuls plaisirs auxquels les Japonais aspirent sont la nourriture et le sexe... parfois les jeux audiovisuels..."

XVIIème siècle, deux prêtres jésuites se rendent au Japon pour retrouver leur mentor, le père Ferreira, disparu alors qu’il tentait de répandre les enseignements du catholicisme. Au terme d’un dangereux voyage, ils découvrent un pays où le christianisme est décrété illégal et ses fidèles persécutés. Ils devront mener dans la clandestinité cette quête périlleuse qui confrontera leur foi aux pires épreuves.