Depuis l'effondrement de la Terre et de son système écologique, les hommes vivent dans de petites stations spatiales surpeuplées. Le seul espoir est la planète RHEA. À bord du vaisseau Kassandra, toute l'équipe est plongée dans un profond cryo-sommeil à l'exception de la jeune doctoresse Laura qui veille. Au fil de ses gardes, elle a de plus en plus la sensation de ne pas être la seule à être éveillée dans ce vaisseau. La recherche de ce mystérieux visiteur est un échec et ne mène qu'à l'éveil de toute l'équipe. Un jeu mortel débute alors. Que transporte ce vaisseau ? Et qui ou quoi est à bord ?

Dans un XXVème siècle apocalyptique, une maladie a rayé la quasi-totalité de la population mondiale, à l'exception d'une ville fortifiée, Bregna, dirigée par une assemblée de scientifiques. Un groupe de rebelles vivant sous terre, les Monicans, emmené par The Handler envoie leur meilleur élément, Aeon Flux pour assassiner l'un des plus hauts dirigeants du pouvoir en place.

Deux astronautes, le Lieutenant Payton et le Caporal Bower se réveillent dans leur gigantesque vaisseau spatial après un long séjour en hyper-sommeil. Désorientés et plongés dans le noir, ils ne se souviennent ni de leurs identités ni de leur mission. Les seuls sons qui leur parviennent sont des vibrations provenant du cœur du vaisseau. Le Caporal Bower part en exploration et ne tarde pas à découvrir quelques survivants qui vivent cachés, traqués par d'effroyables créatures. Ensemble ils vont essayer de découvrir ce qui s'est réellement passé lors de cette mission...