Neo apprend à mieux contrôler ses dons naturels, alors même que Sion s'apprête à tomber sous l'assaut de l'Armée des Machines. D'ici quelques heures, 250 000 Sentinelles programmées pour anéantir notre espèce envahiront la dernière enclave humaine de la Terre. Mais Morpheus galvanise les citoyens de Sion en leur rappelant la Parole de l'Oracle : il est encore temps pour l’Élu d'arrêter la guerre contre les Machines. Tous les espoirs se reportent dès lors sur Neo. Au long de sa périlleuse plongée au sein de la Matrix et de sa propre destinée, ce dernier sera confronté à une résistance croissante, une vérité encore plus aveuglante, un choix encore plus douloureux que tout ce qu'il avait jamais imaginé.

En janvier 1945, l'armée japonaise, qui occupe les Philippines, retient prisonniers dans le camp de Cabanatuan plus de 500 soldats américains. Parmi eux, le major Gibson, malgré la malaria qui le ronge, tente de remonter le moral de ses troupes qui meurent de faim. Grâce à Margaret, une veuve de guerre, il arrive à faire pénétrer en contrebande des médicaments. Pendant ce temps, le sixième bataillon de Rangers sous le commandement du lieutenant-colonel Henry Mucci, se prépare à lancer une opération d'envergure pour tenter de délivrer les prisonniers. Il reçoit l'aide du capitaine philippin Pajota, qui dirige la résistance face aux Japonais...