A la suite des récits que lui fait sa grand-mère sur d'étranges légendes, la jeune Rosaleen fait d'étranges rêves, peuplés de loups-garous. Selon les recommandations de son aïeule, elle doit éviter à tout prix de fréquenter les hommes dont les sourcils se touchent, signe d'appartenance aux loups-garous.
En 1940, l'Europe est en guerre. En Amérique, Linda Voss devient la secrétaire d'Edward Leland, responsable d'un service d'espionnage. Ils tombent très vite amoureux l'un de l'autre. Malgré cela, Leland envoie la jeune fille en Allemagne, qui devra se faire passer pour une gouvernante auprès de la famille d'un haut fonctionnaire nazi.
Refusant l'identité que lui impose l'orphelinat de Hong Kong où il est placé, un jeune garçon prend la fuite. Devenu adulte, sous l'identité de Simon Templar il se signale par ses talents de voleur. Ses dons aux bonnes œuvres lui valent son surnom : « Le Saint ». Il décide d'assurer sa retraite en vendant la formule de fission à froid à Ivan Tretiak, un homme d'affaires russe qui rêve du pouvoir.
The Danish girl retrace la remarquable histoire d'amour de Gerda Wegener et Lili Elbe, née Einar Wegener, l'artiste danoise connue comme la première personne à avoir subi une chirurgie de réattribution sexuelle en 1930. Le mariage et le travail de Lili et Gerda évoluent alors qu’ils s’embarquent sur les territoires encore inconnus du transgenre.