Un yakuza respecté, Kiryu, sort de prison après une peine de 10 ans. Une nuit caniculaire s'abat sur Tokyo. Il croise dans la rue la petite Haruka, et va l'aider à chercher sa mère. Mais ils vont être entraînés dans une spirale de violence entre les anciens «amis» de Kiryu qui veulent sa peau et Majima, un yakuza qui cherche 10 millions de yens disparus. Kiryu va devoir user de ses poings et de son esprit afin de rester en vie et démêler la vérité...

Alors que les culottes du monde entier sont en train de disparaître, Aiko a des doutes sur ses sentiments envers Kyosuke et décide de partir avec la culotte avec laquelle le jeune homme se transformait en Hentai Kamen pour combattre le mal. Souffrant du départ de Aiko, le héros décide de se retirer, c'est alors qu'un nouveau grand méchant apparaît...

Les camarades de lycée Yuu et Haru voyagent entre le monde réel et un univers parallèle fantastique pour aider leur amie Kotona, dont la vie est menacée.

Les Yorozuya vont chasser des scarabées dans la forêt. Par hasard, ils rencontrent le Shisengumi. Après plusieurs péripéties, Okita previent Gintoki qu'un tsujigiri (personne qui teste l'efficacité de son nouveau katana en s'attaquant à un adversaire humain) s'en prend à de nombreuses personnes. Au même moment, Gintoki reçoit une requête : il doit retrouver le voleur du Benizakura, un sabre qui serait maudit...