Froid comme le métal de son fusil à lunettes, Duke Togo, alias Golgo 13, accepte une nouvelle mission : éliminer Quenn Bee, une beauté fatale chef d'un mouvement révolutionnaire, avant qu'elle ne tue un candidat à la présidence. Un contrat d'autant plus délicat que le temps presse, que les choses ne sont pas aussi simples qu'elles en ont l'air et que le tueur et sa cible tissent des liens passionnels au centre d'apocalyptiques fusillades.
Dans le monde où vit Taki, jeune homme d'une vingtaine d'années, coexistent deux univers totalement opposés : celui des êtres humains et celui des démons, le côté obscur. Entre ces deux mondes a été créé un accord de paix. Or ce traité étant en désaccord avec les idées des démons antipacifistes, il est sur le point d'être réadapté. Pour ce faire, cela nécessite la signature d'un des plus grands représentants du côté obscur, le vieux (et pervers…) Mayar. Pour l'escorter dans le monde des humains, deux guerriers nommés Gardes Noirs sont engagés. Le premier, il s'agit de Taki et le deuxième est une femme originaire du côté obscur… Seulement l'escorte ne sera pas sans danger. Les démons s'opposant au régime pacifiste feront tout pour empêcher la signature d'un tel traité.
Seyar, Shun et Hyôga rendent visite aux pensionnaires de l'orphelinat où travaille Mylène, l'amie d'enfance du Chevalier Pégase. Hyôga y rencontre notamment une charmante jeune fille blonde, Irina, qui vient de s'engager dans l'établissement pour s'y occuper des enfants. Lors d'une ballade nocturne avec Hyôga, le regard d'Irina est capté par une étrange étoile filante de laquelle tombe une pomme d'or qu'elle seule peut voir ! Complètement hypnotisée, et après avoir convaincu Hyôga de la laisser seule, elle retrouve la pomme et au moment où elle la touche, de macabres tombes commencent à s'ouvrir un peu partout sur la planète...
« Pourquoi moi ? » fut la dernière pensée de Rune Balot, adolescente prostituée brûlée vive par un tueur en série… Ramenée à la vie grâce à une incroyable technologie, Rune se réveille totalement transformée en cyborg. Mise au point par le docteur Easter, cette technique de cybernétique, normalement interdite, a été autorisée par un amendement spécial : le “Mardock Scramble 09”. En échange de cette seconde chance, la jeune cyborg va devoir plonger dans les bas-fonds de Mardock City, une mégalopole où règnent la violence et le désespoir, à la recherche du psychopathe qui lui a ôté la vie…