Tokyo. Une poupée d’air habite l’appartement sordide d’un homme d’une quarantaine d’années. Elle ne peut ni parler, ni bouger, mais elle est la seule compagne de son propriétaire. Il lui parle, prend son bain avec elle, et lui fait l’amour chaque soir, en rentrant du travail. Mais un jour, le fantasme devient réalité : la poupée prend vie et développe des sentiments humains. Comme un nouveau-né, elle découvre un monde inconnu qu’elle aspire à découvrir.

Tokyo, 2020. Shiori Genpo est une descendante de la famille Phantomhive et de Ciel qui avait passé un contrat avec le majordome démoniaque Sebastian Michaelis. Afin de remplir au mieux son rôle d’héritière, la jeune fille se fait passer pour un garçon et emprunte le nom de Kiyoharu. Dans cette époque, le monde est divisé entre l’Est et l’Ouest et Shiori travaille pour la Reine Occidentale. Elle reçoit pour mission d’enquêter sur une série d’enlèvements et de meurtres mystérieux. Des dizaines de politiciens occidentaux sont retrouvés momifiés avec une carte du Diable en signature. Pour l’épauler dans cette affaire, Shioriressent le besoin de faire appel à Sebastian et passe alors un contrat avec lui.

Après une courte accalmie, le valeureux Kenshin Himura (Sato Takeru) reprend du service, et fait face à Makoto Shishio (Fujiwara Tatzuya) qui tente de renverser le gouvernement Meiji. Le sort du pays se trouvant alors entre ses mains, Himura Kenshin reprend l’épée qu’il s’était pourtant juré de ne jamais plus utiliser…

Après avoir remercié Kaoru (Takei Emi) qui tentait désespérément de l’arrêter, Kenshin (Sato Takeru) se rend finalement à Kyoto. Là-bas, armé de son sabre, il va devoir faire face à son ennemi le plus redoutable jusqu’à maintenant : Shishio (Fujiwara Tatsuya), l’homme que tout le monde craint. Mais c’est sans compter les nombreux alliés de Sojiro qui vont se mettre sur son chemin.