Utena, une jeune fille prétendant vouloir devenir un prince, arrive dans sa nouvelle académie. Après la rencontre avec son ex-petit ami, elle reçoit une bague, le Sceau de la Rose. Celui-ci l'entraîne dans une série de duels dont le vainqueur prend possession de Himemiya Anthy, une jeune fille aussi mystérieuse qu'extravertie. Après une victoire sur Saionji, un autre duelliste, elle prend « possession » d'Anthy et commence à découvrir ce qui se trame dans l'académie…

En 2131, les bioroïds - clones créées pour réfréner les passions humaines - vivent en harmonie avec leurs créateurs dans la belle cité d'Olympus. A l'aube d'une nouvelle menace, le commandant Deunan est mandaté pour empêcher un génocide bioroïd. Mais cette guerrière d'élite se révèle être la pièce maîtresse d'un puzzle dont elle ignore encore les règles et les conséquences : la survie des deux espèces.

Au Japon, dans la ville de Karakura, des esprits font leur apparition. Le monde est alors menacé de destruction par le groupe Dark One. Ichigo et ses amis vont tout tenter afin de sauver le monde.