Au XXIe siècle, une guerre nucléaire a transformé la plus grande partie de la surface de la Terre en désert, ce qui a également entraîné la contamination de l'approvisionnement en eau de la Terre. Un homme du nom de Sanga a construit le havre fortifié de la "Dernière Terre", où il gouverne comme son dictateur en monopolisant l'approvisionnement en eau non contaminée de la ville. Lorsqu'il apprend que les habitants du Freedom Village voisin essaient de creuser un puits pour le leur, Sanga envoie ses sous-fifres saboter leurs efforts. Kenshiro, maître de Hokuto Shinken, est impliqué dans le conflit entre les deux régions après avoir sauvé Tobi, un informateur embauché par Freedom Village.

La légende dit qu'autrefois, Aaron, l'Aura Gardien, aidé de son Pokémon Lucario, réussit à arrêter une terrible guerre. Au Palais Cameran, les habitants organisent chaque année un tournoi Pokémon pour le célébrer. Sacha y participe et gagne, obtenant ainsi le titre d'Aura Gardien. Mais le Pokémon légendaire Mew apparait alors et kidnappe Pikachu ! Lucario fait irruption et emmène Sacha et ses amis dans un périple à destination du mystérieux Arbre des Origines qui est protégé par les Golems Regirock, Regice et Registeel.